《拳皇97》的通关结局主要有以下几种：
三神器队结局
草薙京、八神庵、神乐千鹤三人组队打败大蛇后，神乐千鹤告诉草薙京人类的力量无法杀死大蛇，只能将其封印。最终，草薙京和八神庵合力，草薙京牺牲自己将大蛇封印。
主角队结局
草薙京、二阶堂红丸、大门五郎组队打败大蛇后，二阶堂红丸和大门五郎的生活，以及草薙京与八神庵的最终对决。
饿狼传说队结局
特瑞、安迪、东丈组队打败大蛇后，安迪和不知火舞离开，特瑞与玛丽告别，东丈则继续训练和比赛。
龙虎之拳队结局
坂崎良、罗伯特、尤莉组队打败大蛇后，三人回家并见到坂崎琢磨。
怒之队结局
莉安娜、拉尔夫、克拉克组队打败大蛇后，莉安娜陷入回忆并悔恨自己的行为，但最终得到拉尔夫和克拉克的原谅。
